Früher stellten die Atlaner jeden Abend ihren Müll vor die Tür, doch diese Zeiten sind lange vorbei. Jedes Viertel verfügt über mehrere öffentliche Mülltonnen. Diese beinhalten Portale, die den Müll direkt in die Sortierungsanlage befördern. Mülltrennung ist der Stadt wichtig. Sollte jemand versuchen den Müll in die falsche Tonne zu sortieren, tritt ein magisches Überwachungssystem in Kraft. Der Müll wird wieder ausgespuckt.

Magischer Abfall, wie Reste von Tränken oder Tinkturen, haben nichts im regulären Müll zu suchen. In jedem Viertel gibt es eine Sammelstation für magischen Abfall. Dies ist auf einen Vorfall von 1957 zurückzuführen, als ein Halbgott seine Tränke aussortierte und der Müll daraufhin ein Eigenleben bekam und drei Tage durch die Stadt tanzte. Die ganze Stadt war damals aufgerufen worden den ‚freilaufenden‘ Müll zu fangen und abzugeben.
Zum Gedenken an dieses Ereignis findet man heute im Zentrum von Atlantis eine Weinflasche in einem Schaukasten, die immer noch ihre Kreise zieht.

Sperrmüll muss angemeldet werden und hat ebenfalls nichts im normalen Müll zu suchen. Mitarbeiter des Entsorgungsservice kommen vor Ort und schaffen ein Portal, um den Sperrmüll zur Entsorgungsanlage zu bringen.

Recycling ist ein großes Thema in der Stadt. Viele Materialien werden wiederverwendet, zum Beispiel als Dämmungsmaterial. Glas wird zu den Glasbläsern gebracht, dieses neu einschmelzen. Beispielsweise benutzte die Tageszeitung ‚Atlantis Drums‘ Altpapier zum Bedrucken.